Rambler's Top100

Публикации

2015

М.В. Иванов, Л.И. Левицкий, А.А. Лобас, М.В. Горшков, GroupFilter: программное решение проблемы дискриминации идентификаций масс-спектров высокого разрешения при работе поискового алгоритма Morpheus, Масс-спектрометрия, 12 (4), 229-235 (2015).

М.В. Иванов, А.А. Левицкий, А.А. Лобас, И.А. Тарасова, М.Л. Придатченко, В.Г. Згода, С.А. Мошковский, Г. Митулович, М.В. Горшков, Идентификация пептидов в “скорострельной” протеомике методами тандемной масс-спектрометрии: сравнение поисковых алгоритмов, Масс-спектрометрия, 12 (1), 39-55 (2015)/Ivanov M.V., Levitsky L.I., Lobas A.A., Tarasova I.A., Pridatchenko M.L., Zgoda V.G., Moshkovskii, S.A., Mitulovic G., Gorshkov M.V., Peptide identifications in “shotgun” proteomics using tandem mass spectrometry: comparison of search engine algorithms, Journal of Analytical Chemistry, 70(14), 1614-1619 (2015)

Ivanov M.V., Levitsky L.I., Tarasova I.A., Gorshkov M.V., Pepxmltk – a Format Converter for Peptide Identification results obtained from tandem mass spectrometry data using X!Tandem search engine, Journal of Analytical Chemistry, 70(13), 1598-1599 (2015)

Tarasova I.A., Surin A.K., Fornelli L., Pridatchenko M.L., Suvorina M.Y., Gorshkov M.V.. Ion coalescence in Fourier transform mass spectrometry: should we worry about this in shotgun proteomics?, European Journal of Mass Spectrometry, 21(3), 459-470 (2015).

Tarasova I.A., Goloborodko A.A., Perlova T.Y., Pridatchenko M.L., Gorshkov A.V., Evreinov V.V., Ivanov A.R., Gorshkov M.V., Application of Statistical Thermodynamics To Predict the Adsorption Properties of Polypeptides in Reversed-Phase HPLC, Analytical Chemistry, 87 (13), 6562-6569 (2015)

Chernobrovkin A.L., Kopylov A.T., Zgoda V.G., Moysa A.A., Pyatnitskiy M.A., Kuznetsova K.G., Ilina I.Y., Karpova M.A., Karpov D.S., Veselovsky A.V., Ivanov M.V., Gorshkov M.V., Archakov A.I., Moshkovskii S.A., Methionine to isothreonine conversion as a source of false discovery identifications of genetically encoded variant in proteogenomics, Journal of Proteomics, 120, 169-178 (2015)

Е.М. Соловьева, А.А. Лобас, А.Т. Копылов, И.Ю. Ильина, Л.И. Левицкий, М.В. Иванов, М.Л. Придатченко, В.Г. Згода, С.А. Мошковский, М.В. Горшков, Оптимизация фракционирования сложных смесей белков в протеомном анализе с использованием предсказательной хроматографии биомакромолекул, VII Российский симпозиум "Белки и пептиды", Новосибирск, РФ, июль 12-17, 2015 - Стендовый доклад

М.В. Иванов, Л.И. Левицкий, И.А. Тарасова, А.А. Лобас, М.Л. Придатченко, Ю.А. Бубис, Е.М. Соловьева, М.В. Горшков, Биоинформационные ресурсы открытого исходного кода для работы с протеомными данными, VII Российский симпозиум "Белки и пептиды", Новосибирск, РФ, июль 12-17, 2015 - Устный доклад

И.А. Тарасова, А.А. Лобас, У. Чернигой, Я. Видич, З. Наги, М.В. Иванов, Б. Мальберг, Т. Панич-Янкович, М.Л. Придатченко, А. Пунгор, Г. Митулович, М.В. Горшков, Использование аффинных монолитных колонок BIA CIMAC в очистке питательных сред для ЭКО от сывороточного альбумина человека, VII Российский симпозиум "Белки и пептиды", Новосибирск, РФ, июль 12-17, 2015 - Стендовый доклад

И.А. Тарасова, А.К. Сурин, Л. Форнелли, М.Л. Придатченко, М.Ю. Суворина, Ю.О. Цыбин, М.В. Горшков, Коалесценция и ее значение в анализе протеомов методами масс-спектрометрии с преобразованием Фурье, VI Всероссийская конференция с международным участием "Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы", Москва, РФ, октябрь 12-17, 2015 - Устный доклад

Ю.А. Бубис, Л.И. Левицкий, М.В. Иванов, И.А. Тарасова, В.Г. Згода, М.Л. Придатченко, М.В. Горшков, Сравнение количественных методов без использования изотопных меток для профилирования смесей белков в скорострельной протеомике на основе ферментативного гидролиза различной специфичности, VI Всероссийская конференция с международным участием "Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы", Москва, РФ, октябрь 12-17, 2015 - Устный доклад

Е.М. Соловьева, А.А. Лобас, А.Т. Копылов, И.Ю. Ильина, Л.И. Левицкий, М.В. Иванов, С.А. Мошковский, М.В. Горшков, Оптимизационные подходы к панорамному хроматомасс-спектрометрическому анализу биологических проб, VI Всероссийская конференция с международным участием "Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы", Москва, РФ, октябрь 12-17, 2015 - Устный доклад

Ю.О. Цыбин, М.В. Горшков, Масс-спектрометрия ионного циклотронного резонанса на время-пролетных скоростях, VI Всероссийская конференция с международным участием "Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы", Москва, РФ, октябрь 12-17, 2015 - Устный доклад

С.А. Мошковский, А.А. Полякова, К.Г. Кузнецова, Д.С. Карпов, А.А. Лобас, М.В. Иванов, М.В. Горшков, Масс-спектрометрия для протеогеномики и иммунобиологии злокачественных опухолей, VI Всероссийская конференция с международным участием "Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы", Москва, РФ, октябрь 12-17, 2015 - Пленарный доклад

Л.И. Левицкий, М.В. Иванов, И.А. Тарасова, А.А. Лобас, М.Л. Придатченко, Ю.А. Бубис, Е.М. Соловьева, М.В. Горшков, Биоинформатические ресурсы открытого кода в задачах протеомного анализа биологических проб, I Всероссийская конференция с международным участием "Химический анализ и медицина", Москва, РФ, ноябрь 9-12, 2015 - Устный доклад

M. Ivanov, I. Tarasova, K. Srzentic, M. Pridatchenko, L. Levitsky, A. Lobas, E. Solovyeva, J. Bubis, Y. Tsybin, M. Gorshkov, MS/MS-free protein identification in complex mixtures using multiple enzymes with complementary specificity, Proteomic Forum 2015, March 22-25, 2015, Berlin, Germany (Конгресс немецкого протеомного общества , Берлин, Германия, март 22-25, 2015) - Устный доклад

J.A. Bubis, M.V. Ivanov, L.I. Levitsky, I.A. Tarasova, M.V. Gorshkov, Comparative evaluation of label-free quantitation methods using different enzymes, 9th Summer School “Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine”, July 5-11, 2015, Dubrovnik, Croatia  (9-я Летняя Школа по масс-спектрометрии в биотехнологиях и медицине, Дубровник, Хорватия, июль 5- 11, 2015) - Стендовый доклад

E.M. Solovyeva ,  A.A. Lobas , A.T. Kopylov , I.Y. Ilyina , L.I. Levitsky , M.V. Ivanov , S.A. Moshkovskii , M.V. Gorshkov, Optimal fractionation of complex peptide mixtures using predictive  chromatography of biomacromolecules, 9th Summer School “Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine”, July 5-11, 2015, Dubrovnik, Croatia (9-я Летняя Школа по масс-спектрометрии в биотехнологиях и медицине, Дубровник, Хорватия, июль 5- 11, 2015) - Стендовый доклад

L.I. Levitsky, M.V. Ivanov, A.A. Lobas, M.V. Gorshkov, Controlling the accuracy of false discovery rate estimation based on target-decoy approach, 13th Annual Austrian Proteomic Research Symposium (APRS), August 26-28, 2015, Klosterneuburg, Austria (13-й ежегодный симпозиум Австрийского протеомного общества, Клостернойбург, Австрия, август 26-28, 2015) - Устный доклад

T.-Y. Lin, M.V. Gorshkov, A.V. Tolmachev, J.B. Shaw, R.K. Chu, M. Zhou, R. Harkewicz, R. James Ewing, D.W. Koppenaal,  E.W. Robinson, L. Pasa-Tolic,  Frequency multiplication for high-throughput Fourier-transform ion cyclotron resonance mass spectrometry, 63d ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, Missouri, May 31 – June 4, 2015. – Стендовый доклад

2014

Иванов М.В., Левицкий Л.И., Тарасова И.А., Горшков М.В., Pepxmltk — программа для конвертации результатов идентификации пептидов на основе данных тандемной масс-спектрометрии с использованием поискового алгоритма X!Tandem, Масс-спектрометрия, 11(3), 2014, стр.179.

Karpova M.A., Karpov D.S., Ivanov M.V., Pyatnitskiy M.A., Chernobrovkin A.L., Lobas A.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I., Gorshkov M.V., Moshkovskii S.A., Exome-Driven Characterization of the Cancer Cell Lines at the Proteome Level: The NCI-60 Case Study, Journal of Proteome Research, 13(12), 2014, p. 5551.

Nagornov K.O., Gorshkov M.V., Kozhinov A.N., Tsybin Y.O., High-resolution fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry with increased throughput for biomolecular analysis, Analytical Chemistry, 86(18), 2014, p. 9020.

Ivanov M.V., Levitsky L.I., Lobas A.A., Panic T., Laskay U.A., Mitulovic G., Schmid R., Pridatchenko M.L., Tsybin Y.O., Gorshkov M.V.,Empirical Multidimensional Space for Scoring Peptide Spectrum Matches in Shotgun Proteomics, Journal of Proteome Research, 13(4), 2014, p. 1911.

M.V. Gorshkov, K. O. Nagornov, A. N. Kozhinov, Y. O. Tsybin, FT-ICR MS at “40 Tesla”: 4X cell for enhanced resolution and scan rate, 11th European FTMS Conference, Paris, France, April 22-25, 2014.

W. Chen, P. Obermayr, U. Cernigoj, J. Vidic, M. Barut, T. Panic-Jankovic, M. Gorshkov, G Mitulovic, Immobilized monolithic enzymatic reactors for online digestion of proteins secreted by developing human embryos, 13th Human Proteome Organization World Congress HUPO, Madrid, Spain, October 5-8, 2014.

L. I. Levitsky, M. V. Ivanov, A. A. Lobas, M. L. Pridatchenko, I. A. Tarasova, K. Srzentic, Y. O. Tsybin, G. Mitulovic, M. V. Gorshkov, IdentiPy, an open-source MS/MS data search platform for shotgun proteomics, 13th Human Proteome Organization World Congress HUPO, Madrid, Spain, October 5-8, 2014.

A. A. Lobas; M. V. Ivanov; L. I. Levitsky; M. L.Pridatchenko; I. A. Tarasova; A. V. Gorshkov; A. N. Verenchikov; M. V. Gorshkov, Applicability of Partial Edman Degradation for MS/MS-free Protein Identifications in Shotgun Proteomics, 62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Baltimore, Maryland, June 15 - 19, 2014.

M.A. Vlasova, D. A. Karpov, M. V. Ivanov, M. A. Pyatnitskiy, V. N. Lazarev, V. G. Zgoda, A. A. Lobas, A. A. Archakov, M. V. Gorshkov, S. A. Moshkovskii, Shotgun Proteomics Recognizes Cell Lines Using Exome Data: NCI-60 Panel Case Study, 13th Human Proteome Organization World Congress HUPO, Madrid, Spain, October 5-8, 2014.

T. Panic-Jankovic, A. Lobas, M. Gorshkov, A. Fichtenabum, J. Wan, W.-Q. Chen, D. Pietrowski, S. Seyfert, R. Schmid, G. Mitulovic, Improving Prediction of IVF Success – Looking for Putative Biomarkers in IVF-Media Upon Embryo Cultivation, 13th Human Proteome Organization World Congress HUPO, Madrid, Spain, October 5-8, 2014.

W.-Q. Chen, P. Obermayr, U. Cernigoj, J. Vidic, M. Barut, T. Panic-Jankovic, M. Gorshkov, G. Mitulovic, Immobilized Monolithic Enzymatic Reactors for Online Digestion of Protein Secreted by Developing Human Embryos, 13th Human Proteome Organization World Congress HUPO, Madrid, Spain, October 5-8, 2014.

M.A. Karpova, D.S. Karpov, M.V. Ivanov, A.L. Chernobrovkin, M.A. Pyatnitsky, A.V. Lisitsa, A.I.Archakov, M.V. Gorshkov, S.A. Moshkovskii, Proteogenomic Approach to Cancer Cell Line Differentiation using Exome-Derived Variant Peptides: NCI-60 Panel Case Study; 62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Baltimore, Maryland, June 15 - 19, 2014.

T. Panic-Jankovic, A. Lobas, M. Gorshkov, A. Fichtenabum, J. Wan, W.-Q. Chen, D. Pietrowski, S. Seyfert, R. Schmid, G. Mitulovic, Improving Prediction of IVF Success – Looking for Putative Biomarkers in IVF-Media Upon Embryo Cultivation, 62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Baltimore, Maryland, June 15 - 19, 2014.

W.-Q. Chen, P. Obermayr, U. Cernigoj, J. Vidic, M. Barut, T. Panic-Jankovic, M. Gorshkov, G. Mitulovic, Immobilized Monolithic Enzymatic Reactors for Online Digestion of Protein Secreted by Developing Human Embryos, 62nd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Baltimore, Maryland, June 15 - 19, 2014.

Л.И. Левицкий, М.В. Иванов, А.А. Голобородько, М.В. Горшков, Открытые инструменты для работы с протеомными данными на языке программирования Python, 2-я летняя Школа по биоинформатике, Сакт-Петербург, 27 июля - 1 августа, 2014.

Е.М. Соловьева, А.А. Лобас, М.Л. Придатченко, М.В. Горшков, М.В. Иванов, И. Тарасова, Применение химической деградации по Эдману для хромато-масс-спектрометрической идентификации пептидов в сложных белковых смесях, 57-я Научная конференция МФТИ, Москва, 24-29 ноября, 2014.

Ю.А. Бубис, Л.И. Левицкий, А.А. Лобас, М.В. Иванов, Р.А. Зубарев, М.В. Горшков, Использование электрофоретических данных о пептидах в протеомных исследованиях, 57-я Научная конференция МФТИ, Москва, 24-29 ноября, 2014.

2013

Lobas A. A., Verenchikov A. N., Goloborodko A. A., Levitsky L. I., Gorshkov M. V. (2013). Combination of Edman degradation of peptides with liquid chromatography/mass spectrometry workflow for peptide identification in bottom-up proteomics. Rapid Communications in Mass Spectrometry, (27), 391–400. doi:10.1002/rcm.6462

Goloborodko, A. A., Levitsky, L. I., Ivanov, M. V., & Gorshkov, M. V. (2013). Pyteomics — a Python Framework for Exploratory Data Analysis and Rapid Software Prototyping in Proteomics. Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 24(2), 301–304. doi:10.1007/s13361-012-0516-6

Laskay U.A., Lobas A.A., Srzentic K., Gorshkov M.V., Tsybin Y.O. (2013) Proteome Digestion Specificity Analysis for Rational Design of Extended Bottom-up and Middle-down Proteomics Experiments, Journal of Proteome Research , 12(12), 5558–5569doi:10.1021/pr400522h

Gorshkov M.V., In search for “hidden” information in the proteomics data, FiDiPro Mini-Symposium “Strategies and Tools for Proteomic Biomarker Discovery, Center for Biotechnology, Turku University, Finland, January 26, 2013.

Придатченко М.Л. , Горшков А.В. , Тарасова И.А. , Горшков М.В., Евреинов В.В. Хроматография в критических условиях и ее практическое применение в протеомике, VI съезд ВМСО V Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”. 2013. Москва. С. 56.

Иванов М.В., Левицкий Л.И., Горшков М.В. Многопараметрическое индексирование идентификаций пептидов на основе использования комплементарных экспериментальных данных, VI съезд ВМСО V Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”. 2013. Москва. С. 54.

Левицкий Л.И. Иванов М.В. Горшков М.В. Поисковая машина с открытым исходным кодом для сравнительного анализа поисковых алгоритмов в скорострельнойпротеомике. VI съезд ВМСО V Всероссийская конференция с международным участием “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”. 2013. Москва. С. 55.

Лобас А.А., Веренчиков А.Н., Горшков М.В. Использование химической деградации по Эдману в сочетании с хроматомасс-спектрометрическим анализом для идентификации пептидов в протеомике, VI съезд ВМСО V Всероссийская конференция с международным участием. “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”. 2013. Москва. С. 53.

G. Mitulovic, T. Panic-Jankovic, D. Pietrowski, M. Gorshkov and R. Schmid. Analyzing the preimplantation secretome of human embryos. 38th FEBS Congress. Saint-Petersburg, Russia, July 6-11, 2013, FEBS Journal, 280, P.499.

M. V. Gorshkov, A. A. Lobas, L. I. Levitsky, M. V. Ivanov, M. L. Pridatchenko, I. A. Tarasova, G. Mitulovic, N. Verenchikov and A. V. Gorshkov. Towards MS/MS-free “shotgun” proteomics for increasing human proteome coverage. 38th FEBS Congress. Saint-Petersburg, Russia, July 6-11, 2013, FEBS Journal, 280, P. 613.

Горшков А.В., Придатченко М.Л., Горшков М.В., Евреинов В.В. Хроматография макромолекул и проблема определения их первичной структуры. Полимеры 2013 сбборник трудов XIV ежегодной научной конференции отдела полимеров и композитных материалов. 2013. С. 43.

Ю.Н. Носова, Т.П. Серкова, Е.Ф. Шевцова, А.В. Косых, Е.А. Воротеляк, О.В. Михалёв, А.А. Лобас, М.В. Горшков, А.А. Назаров, Е.Р. Милаева, Противоопухолевые рутениевые соединения, содержащие ингибитор гликолиза: новый подход к направленному действию на раковые клетки, 1-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием (MedChem Russia), Москва, Россия, сентябрь 9-12, 2013.

L.I. Levitsky, M.V. Ivanov, A.A. Lobas, M.L. Pridatchenko, I.A. Tarasova, T. Panic, G. Mitulovic, Y.O. Tsybin, U.A. Laskay, M.V. Gorshkov. An Open-Source Search Engine Utilizing a Multidimensional Scoring Algorithm for Advanced Mass Spectrometry Data Processing and Protein Identification. 61 st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Minneapolis, USA, June 9-13, 2013, Book of Abstracts P. 181.

Y.N. Nosova, T.P. Serkova, E.P. Shevtsova, A.V. Kosykh, E.A.Vorotelyak, A.A. Lobas, M.V. Gorshkov, A.A. Nazarov, E.R. Milaeva, Lonidamine tethered ruthenium compounds as promising anticancer agents, International Symposium “Modern Trends in Organometallic Chemistry and Catalysis”, Moscow, Russia, June 3-7, 2013.

U.A. Laskay, K. Srzentic, A.A. Lobas, T. Panic-Jankovic, M. Monod, M.V. Gorshkov, G. Mitulovic, Y.O. Tsybin. Middle-down Proteomics Workflow Targeting 3-7 kDa peptides for Clinical Applications. 61 st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Minneapolis, USA, June 9-13, 2013, Book of Abstracts ThP13 242.

Gorshkov M.V., Tsybin Y.O., On the utility of signal intensity measurements in Fourier transform mass spectrometry for quantitative proteomics, 24 th MassSpec-Forum-Vienna-2013, February 19-20, Vienna, Austria.

Ivanov M.V., Levitsky L.I., Lobas A.A., Pridatchenko M.L., Gorshkov M.V., Mitulovic G., Panic T., Steinhammer S., Schmid R., Diggin-up the “grey” area below the peptide identity threshold in MS/MS-based proteomics, 24 th MassSpec-Forum-Vienna-2013, February 19-20, Vienna, Austria.

2012

Горшков А.В., Евреинов В.В., Горшков М.В., Предсказательная хроматография белков и пептидов, Энциклопедия инженера-химика, 9, 8-9 (2012).

Gorshkov M.V., Fornelli L., Tsybin Y.O., Observation of ion coalescence in Orbitrap Fourier transform mass spectrometry, Rapid Communications in Mass Spectrometry, 26, 1711-1717 (2012).

 

Moskovets E., Goloborodko A.A., Gorshkov A.V., Gorshkov M.V., Limitation of predictive 2-D liquid chromatography in reducing the database search space in shotgun proteomics: In silico studies, Journal of Separation Science, 35, 1771-1778 (2012).

 

Miladinovic, S. M., Kozhinov, A. N., Gorshkov M. V., Tsybin, Y. O., On the Utility of Isotopic Fine Structure Mass Spectrometry in Protein Identification, Analytical Chemistry, 84(9), 4042-4051 (2012).  

 
Frankevich, V., Nieckarz, R. J., Sagulenko, P. N., Barylyuk, K., Zenobi, R., Levitsky, L. I., Agapov, A. Yu., Perlova, T. Y., Gorshkov M. V., Tarasova, I. A., Probing the mechanisms of ambient ionization by laser-induced fluorescence spectroscopy, Rapid Communications in Mass Spectrometry, 26(13), 1567-1572 (2012).

 

Pridatchenko M.L., Perlova T.Yu., Hamidane H.B., Goloborodko A.A., Tarasova I.A., Gorshkov A.V., Evreinov V.V., Tsybin Y.O., Gorshkov M.V., On the utility of predictive chromatography to complement mass spectrometry based intact protein identification, Analytical and Bioanalytical Chemistry, 402(8), 2521-2529 (2012).

 

L. Levitsky, A. Goloborodko, M. Ivanov, I. Tarasova and M. Gorshkov, Pyteomics - an open-source library for advanced data mining in MS-based proteomics, MassSpec Forum Vienna, 21-22 February 2012, Vienna, Austria

L. Levitsky, A. Goloborodko, M. Ivanov, I. Tarasova and M. Gorshkov, Pyteomics – an open-source Python framework for data mining in MS-based proteomics. The 6th MSBM Summer School, July 8-14 2012, Dubrovnik, Croatia

M.V. Gorshkov, E. Moskovets, A.A. Goloborodko, A.A. Lobas, A.V. Gorshkov, 2D liquid chromatography in combination with mass spectrometry: its utility and limitations for protein identifications in shotgun proteomics, MassSpec Forum Vienna, 21-22 February 2012, Vienna, Austria

A.A. Lobas, A.N. Verenchikov, A.A. Goloborodko, L.I. Levitsky, M.V. Gorshkov, On the utility of chemical degradation technique in combination with predictive chromatography in shotgun proteomics: in silico studies, RECOMB-CP 2012 - Satellite Conference on Computational Proteomics, April 6-8, 2012, San Diego, USA

A.A. Lobas, A.N. Verenchikov, A.A. Goloborodko, L.I. Levitsky and M.V. Gorshkov, On the Feasibility of Combination of Edman Degradation of Peptides with LC-MS Workflow for Peptide Identification in Bottom-up Proteomics, The 6th MSBM Summer School, July 8-14 2012, Dubrovnik, Croatia

A.A. Lobas, A.N. Verenchikov, A.A. Goloborodko, L.I. Levitsky, M.V. Gorshkov, Multidimensional approaches for peptide identification in shotgun proteomics, The 6th Central and Eastern European Proteomic Conference. October 14-17 2012, Budapest, Hungary

M. Ivanov, L. Levitsky, A. Goloborodko, I. Tarasova, S. Steinhammer, G. Mitulovic, M. Gorshkov, Performance  comparison of database search engines  using annotated MS/MS data obtained by different  dissociation techniques, The 60th ASMS Conrefence on Mass Spectrometry and Applied Topics, May 19-24 2012, Vancouver, Canada

P. Sagulenko, A.Y. Agapov, V. Frankevich, M. V. Gorshkov, R. Zenobi, 
Ion quantification in FT-ICR mass spectrometry: employing the space-charge effect in the measured signal, 
The 60th ASMS Conrefence on Mass Spectrometry and Applied Topics, May  19-24 2012 , Vancouver, Canada

2011

Тарасова И.А., Перлова Т.Ю., Придатченко М.Л., Голобородько А.А., Левицкий Л.И., Евреинов В.В., Гурыча В., Масселон К.Д., Горшков А.В., Гошков М.В., Инверсия хроматографических порядков выхода пептидов и ее значение в практике протеомных исследований, Масс-спектрометрия, 8(4), 281-292 (2011).

Agapov A.Yu., Levitsky L.I., Dashtiev N.Z., Gorshkov M.V., Tarasova I.A., An Atmospheric Pressure Ionization Source Based on Desorption Electrospray Ionization Technology (DESI) for Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry, Journal of Analytical Chemistry, 66(14), 1376-1384 (2011).

 

Gorshkov A.V., Evreinov V.V., Pridatchenko M.L., Tarasova I.A., Filatova N.N., Rozdina I.G., and Gorshkov M.V., Applicability of the Critical Chromatography Concept to Analysis of Proteins: Dependence of Retention Times on the Sequence of Amino Acid Residues in a Chain, Polymer Science, Series A, 53(12), 1227-1241 (2011).

 

Vorobyev A., Gorshkov M.V., Tsybin Y.O., Towards data acquisition throughput increase in Fourier transform mass spectrometry of proteins using double frequency measurements, International Journal of Mass Spectrometry, 306 (2-3), 227-231 (2011).

 

Goloborodko A.A., Gorshkov M.V., Good D.M., Zubarev R.A., Sequence Scrambling in Shotgun Proteomics is Negligible, Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 22(7), 1121-1124 (2011).

 

Sargaeva N.P., Goloborodko A.A., O’Connor P.B., Moskovets E., Gorshkov M.V., Sequence-specific predictive chromatography to assist mass spectrometric analysis of asparagine deamidation and aspartate isomerization in peptides, Electrophoresis , 32(15), 1962-1969 (2011).

L.I. Levitsky, A.A. Goloborodko, M.V. Gorshkov, Influence of search parameters and mass spectrometry data quality on search engine performance in shotgun proteomics: a systematic study, 59th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 5 - 9, 2011, Denver, CO.

A.A. Goloborodko, M.V. Gorshkov, D.M. Good, R.A. Zubarev, Statistical evaluation of the sequence scrambling effect on peptide identification in shotgun proteomics, 59th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 5 - 9, 2011, Denver, CO.

S.M. Miladinovic, A.N. Kozhinov, M.V. Gorshkov, Y.O. Tsybin, Can isotopic fine structures of peptides improve protein identification in proteomics?, 59th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 5 - 9, 2011, Denver, CO.

E. Moskovets, A.A. Gorloborodko, M.V. Gorshkov, Two-dimensional predictive chromatography using orthogonal stationary phases for improved MS/MS-based peptide identification, 59th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 5 - 9, 2011, Denver, CO.

M. V. Gorshkov, Predictive chromatography as a supplemental tool for shotgun proteomics, 9 th Austrian Proteomic Research Symposium, November 8-9, 2011, Vienna, Austria

A.A. Lobas, A.N. Verenchikov, A.A. Goloborodko, L.I. Levitsky, M.V. Gorshkov, On the utility of chemical degradation technique in combination with predictive chromatography in shotgun proteomics: in silico studies, 9 th Austrian Proteomic Research Symposium, November 8-9, 2011, Vienna, Austria

Придатченко М.Л., Тарасова И.А., Горшков М.В., Универсальная шкала времен удерживания биомакромолекул в задачах «скорострельной» протеомики, V Всероссийская конференция «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», 5-9 сентября 2011. Москва, РФ, МБУ-2. С. 66.

Агапов А.Ю., Даштиев Н.З., Левицкий Л.И., Тарасова И.А., Горшков М.В., Источники ионизации для малогабаритных масс-спектрометров ионного циклотронного резонанса на основе технологий DART и DESI, V Всероссийская конференция «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы». 5-9 сентября 2011. Москва, РФ, ПС-7. С. 146.

Левицкий Л.И., Агапов А.Ю., Тарасова И.А., Горшков М.В., Исследование механизмов образования ионов низкомолекулярных веществ методом десорбционной ионизации электрораспылением, 54-ая научная конференция МФТИ, 10-30 ноября 2011, Долгопрудный, РФ. С. 134-135.

Левицкий Л.И., Nieckarz R.J., Франкевич В.Е., Перлова Т.Ю., Сагуленко П.П, Агапов А.Ю., Тарасова И.А., Зеноби Р., Горшков М.В., Исследование механизмов десорбции и ионизации в источнике атмосферной десорбционной ионизации электрораспылением методом лазерно-индуцированной флюоресенции, 54-ая научная конференция МФТИ, 10-30 ноября 2011, Долгопрудный, РФ. С. 133-134.

Л.И. Левицкий, А.А. Голобородько, М.В. Горшков, Pyteomics – открытая библиотека для анализа протеомных данных средствами языка Python , 34-я конференция «Информационные технологии и системы – 2011», 2-7 октября 2011, Геленджик, РФ

 

2010

HPLC combined with Electron Capture Dissociation FTICR MS detection of isoaspartic acid located at different sites within a peptide sequence, N. P. Sargaeva, A. Goloborodko, A. R. Ivanov, E. Moskovets, M. V. Gorshkov, P. B. O’Connor,  35th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques, June 19-24, Boston, Massachussets, USA, 2010

Хроматография биомакромолекул в критических условиях, A.V. Gorshkov, V.V. Evreinov, M.V. Gorshkov,  Всероссийская научно-практическая конференция "Хроматография – народному хозяйству", April 19-23, (Дзержинск), Russia, 2010.

BioLCCC Model and Predictive Chromatography of Biopolymers, A.V. Gorshkov, V.V. Evreinov, M.V. Gorshkov,  23nd International Symposium on Polymer Analysis and Characterization 31 May - 2 June, Pohang, Republic of Korea, 2010.

On the problem of quantification of ions in a trap of an ion cyclotron resonance mass spectrometer, M.V. Gorshkov, 9th European FTMS Conference, April 6-9, Lausanne, Switzerland, 2010.

On the utility of critical chromatography of biomacromolecules to predict protein retention in gradient HPLC, M. L. Pridatchenko, T. Yu. Perlova, I. A. Tarasova, A. A. Goloborodko, A. V. Gorshkov, V. V. Evreinov, Yu. O. Tsybin, and M. V. Gorshkov,  35th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques, June 19-24, Boston, Massachussets, USA, 2010

Basics of the model of liquid chromatography of biomacromolecules at critical conditions: theory and experimental applications, T. Yu. Perlova, A. V. Gorshkov, V. V. Evreinov, A. A. Goloborodko, M. L. Pridatchenko, I. A. Tarasova, E. Moskovets, A. R. Ivanov, and M. V. Gorshkov,  35th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques, June 19-24, Boston, Massachussets, USA, 2010.

Calibration of user-defined LC-MS systems for complementary filtering and validation of MS based identifications by ”predictive” chromatography of biomacromolecules, A. A. Goloborodko, T. Yu. Perlova, M. L. Pridatchenko, A. V. Gorshkov, I. A. Tarasova, E. Moskovets, M. V. Gorshkov, and A. R. Ivanov, 58th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, May 23-28, Salt Lake City, Utah, 2010.

Retention time prediction using the model of liquid chromatography of biomacromolecules at critical conditions in LC-MS phosphopeptide analysis, Perlova T.Yu., Margolin Y., Pridatchenko M.L., Tarasova I.A., Goloborodko A.A., Gorshkov A.V., Moskovets E., Ivanov A.R., Gorshkov M.V.,  Proteomics, 10(19),  3458-3468 (2010).

Calibration function for the Orbitrap FTMS accounting for the space charge effect, Gorshkov, M.V., Good, D.M., Lyutvinskiy, Y., Yang, H., Zubarev, R.A.,  Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 21(11), 1846-1851 (2010).

Critical Chromatography and Mass Spectrometry of Macromolecules: Determination  of the Position of a Functional Group in a Chain, Gorshkov A. V., Gorshkov M. V., Rozdina I. G., Tarasova I. A., Filatova N. N., Evreinov V. V. , Polymer Science A, 52(3), 340-348 (2010).

Critical chromatography of macromolecules as a tool for reading the amino acid sequence of biomacromolecules: Reality or science fiction? Gorshkov A.V., Evreinov V.V., Tarasova I.A., Gorshkov M.V. Journal of Analytical Chemistry, 65(1), 4-14 (2010).

Empirical approach to false discovery rate estimation in shotgun proteomics, Goloborodko A. A., Mayerhofer C., Zubarev A.R., Tarasova I.A., Gorshkov A.V., Zubarev R.A., Gorshkov M.V.  Rapid Communications in Mass Spectrometry, 24(4), 454-462 (2010).

The alternative approach to validation of peptides identified using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry, Goloborodko A. A., Mayrhofer C., Zubarev A. R., Tarasova I. A., Gorshkov A.V., Zubarev R.A., and Gorshkov M.V.,  Russian Mass Spectrometry, 7(1), 46-52 (2010).

 

2009

Standardization of retention time data for AMT tag proteomics database generation, I.A. Tarasova, V. Guryca, M. L. Pridatchenko, A. V. Gorshkov, S. Kieffer-Jaquinod, V. V. Evreinov, C. D. Masselon, M. V. Gorshkov, Journal of Chromatography B, 877, 433–440 (2009).

Использование моделей хроматографического разделения биомакромолекул для создания баз данных АМТ в задачах «скорострельной» протеомики, БИОХИМИЯ, М. Л. Придатченко, И. А. Тарасова, В. Гурыча, А. С. Кононихин, К. Адамс, Д. А. Толмачев, А. Ю. Агапов, В. В. Евреинов, И. А. Попов, Е. Н. Николаев, Р. А. Зубарев, А. В. Горшков, К. Д. Масселон, М. В. Горшков, 74 (11), , 1469 – 1478 (2009).

Novel approach to phosphopeptide profiling based on combination of liquid chromatography at critical conditions and mass spectrometry, Tatiana Yu. Perlova; Yelena Margolin; Irina A. Tarasova; Anton A. Goloborodko; Alexander V. Gorshkov; Eugene Moskovets; Alexander R. Ivanov; Mikhail V. Gorshkov, 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, May 31 - June 4, 2009, Philadelphia, PA

Study on the space-charge mediated shift in magnetron frequency and its utility for quantitative measurements in FT-ICR mass spectrometry, P.N. Sagulenko, A.Yu. Agapov, D.A. Tolmachev, M.V. Gorshkov, 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, May 31 -June 4, Philadelphia, Pennsylvania, 2009.

Orthogonal criteria for validation of MS/MS based peptide identifications in shotgun proteomics, Anton A. Goloborodko; Corina Mayerhofer; Alexander R. Zubarev; Irina A. Tarasova; Alexander V. Gorshkov; Roman A. Zubarev; Mikhail V. Gorshkov, 57th ASMS Conference, May 31 - June 4, 2009, Philadelphia, PA

Модель критической хроматографии биомакромолекул в задачах фосфопротеомики, Перлова Т.Ю., Тарасова И.А., Придатченко М.Л., Иванов А.Р., Горшков М.В., IV Российский симпозиум “Белки и пептиды”, 23-37 июня, 2009, Казань, РФ, стр.139.

Liquid Chromatography of Biomacromolecules at Critical Conditions: a New Way for Sequence Specific Data Mining Complementary to MS Based Protein Identifications, Alexander V. Gorshkov, Victor V. Evreinov, Irina A. Tarasova, and Mikhail V. Gorshkov, 3rd Annual World Congress of Gene-2009, December 1-7, 2009, Foshan, China.

Ортогональные критерии оценки достоверности масс-спектрометрических идентификаций пептидов, Голобородько А.А., Зубарев Р.А., Горшков М.В., III Всероссийская конференция ВМСО «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», 18-22 мая, 2009, Москва, РФ, МБС-6, стр. 70.

Предсказание времен удерживания фосфопептидов используя модель жидкосной критической хроматографии биомакромолекул, III Всероссийская конференция ВМСО «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», Перлова Т.Ю., Тарасова И.А., Горшков М.В., 18-22 мая, 2009, Москва, РФ, МБС-6, стр. 69.

Liquid Chromatography of Biomacromolecules: a Way for Sequence Specific Data Mining Complementary to MS Based Protein Identifications, M.V. Gorshkov, 3rd Summer Course on Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine, Dubrovnik, July 5-11, 2009.

FT-ICR: basics, features and perspectives, M.V. Gorshkov, 3rd Summer Course on Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine, Dubrovnik, July 5-11, 2009

Интернет-доступный программный пакет «Теоретический хроматограф BioLCCC-2LS» для анализа протеомных данных, Голобородько А. А., Шитов С. С., Тарасова И. А., Горшков А. В., Горшков М. В., IV Российский симпозиум “Белки и пептиды”, 23-37 июня, 2009, Казань, РФ, стр.289.

Критическая хроматография белков и пептидов в задачах протеомики: возможно ли чтение текста последовательности?, Тарасова И. А., Горшков А. В., Евреинов В. В., Придатченко М. Л., Голобородько А. А., Перлова Т. Ю., Горшков М. В., IV Российский симпозиум “Белки и пептиды”, 23-37 июня, 2009, Казань, РФ, стр.139.

О применимости модели критической хроматографии BioLCCC к анализу белков, IV Российский симпозиум “Белки и пептиды”, Придатченко М. Л., Тарасова И. А., Горшков М. В., Филатова Н. Н., Роздина И. Г., Горшков А. В., Евреинов В. В., 23-37 июня, 2009, Казань, РФ, стр.131.

Изменение порядка выхода пептидов при изменении условий градиентного элюирования в ВЭЖХ на обращённой фазе: о возможном объяснении с точки зрения теории критической хроматографии биомакромолекул, Тарасова И. А., Горшков А. В., Евреинов В. В., Масселон К. Д., Гурыча В.,. Придатченко М. Л,. Горшков М. В, III Всероссийская конференция «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», 18-22 мая, 2009, Москва, РФ, МБС-6, стр. 80.

Программно-аналитическая платформа TheorChromo для жидкостной хроматографии белков и пептидов, 52-я Научная конференция МФТИ, Голобородько А. А., Перлова Т. Ю., Горшков А. В., Горшков М. В., 27-30 ноября, 2009, Москва, РФ.

Калибровка феноменологических параметров модели критической жидкостной хроматографии биомакромолекул, Перлова Т. Ю., Тарасова И. А., Придатченко М. Л., Голобородько А. А. Евреинов В. В., Горшков А. А., Иванов А. Р., Горшков М. В., 52-я Научная конференция МФТИ, 27-30 ноября, 2009, Москва, РФ.

2008

Идентификация пептидов по хроматомасс-спектрометрическим данным с использованием расчета времен удерживания, И.А. Тарасова, Р.А. Зубарев, А.А. Голобородько, А.В. Горшков, М.В. Горшков, Масс-спектрометрия, 5(1), 7-24 (2008)

Масс-спектрометр ионного циклотронного резонанса на постоянном магните с атмосферными источниками ионизации, Д.А. Толмачев, А. Н. Вилков, А.Ю. Агапов, И.А. Тарасова, К. Р. Новоселов, П. Н. Сагуленко, С.С. Шитов, М.Л. Придатченко, В. М. Дорошенко, М.В. Горшков, Масс-спектрометрия, 5(2), 83-102 (2008)

Applicability of Critical Chromatography Concept to Proteomics Problems: Experimental Study of Dependence of Retention Time on the Sequence of Amino Acids, Tarasova I.A., Gorshkov A.V., Evreinov V.V., Adams C., Zubarev R.A., Gorshkov M.V., Polymer Science A, 2008, 50(3), 309-321.

Performance Enhancement for a Hybrid 1 T permanent magnet ESI-FTICR Mass Spectrometer using Multiple Frequency Detection; P.S. Sagulenko, D.A. Tolmachev, A.N. Vilkov, V.M. Doroshenko, M.V. Gorshkov; 56th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topic, June 1-5, 2008; Denver, Colorado.

Standard Retention Time Scale for Collaborative Generation of Accurate Mass and Time Tag(AMT) Databases; M.L. Pridatchenko, I.A. Tarasova, A.S. Kononikhin, V. Guricya, D.A. Tolmachev, A.Yu. Agapov, C. Adams, I.A. Popov, A.V. Gorshkov, C.D. Masselon, R.A. Zubarev, E.N. Nikolaev, M.V. Gorshkov; 56th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topic, June 1-5, 2008; Denver, Colorado.

A Use of HPLC Data for Filtering and Validation of MS Based Peptid Identifications; I.A. Tarasova, A.A. Goloborodko, R.A. Zubarev, M.V. Gorshkov; 56th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topic, June 1-5, 2008; Denver, Colorado.

«Ортогональные» критерии оценки достоверности идентификации пептидов на основе масс-спектрометрических данных, Голобородько А.А., Горшков А.В., Тарасова И.А., Зубарев Р.А., Горшков М.В, VIII международная молодежная конференция "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Москва, 11-13 ноября 2008 г.

О возможности использования критической жидкостной хроматографии биомакромолекул в задачах протеомики: анализ посттрансляционных модификаций, Перлова Т. Ю., Тарасова И. А., Горшков А.В., Голобородько А.А., Евреинов В.В., Горшков М.В., VIII международная молодежная конференция "БИОХИМИЧЕСКАЯ ФИЗИКА", Москва, 11-13 ноября 2008 г.

Toward error free de novo protein sequencing by combined liquid chromatography at critical conditions and tandem mass spectrometry, J. Allegrand, H. Ben Hamidane, S. Shitov, M.V. Gorshkov, Y. O. Tsybin, SCS конференция Швейцарского химического общества, Цюрих, 11 сентября 2008 г., Швейцария

К вопросу о достоверности идентификаций пептидов, основанных на масс-спектрометрических данных, Голобородько А.А., Горшков А.В., Горшков М.В., Зубарев Р.А., Труды 51-й научной конференции МФТИ, стр.77-79 (2008).

Учет нелокальных взаимодействий в модели критической жидкостной хроматографии биомакромолекул, Шитов С.С., Горшков А.В., Горшков М.В., Тарасова И.А., Придатченко М.Л., Труды 51-й научной конференции МФТИ, стр.110-113 (2008).

О возможности использования критической жидкостной хроматографии биомакромолекул в задачах фосфопротеомики, Перлова Т.Ю., Тарасова И.А., Горшков А.В., Голобородько А.А., Горшков М.В., Труды 51-й научной конференции МФТИ, стр.240-242 (2008).

2007

1 Tesla Permanent Magnet ESI FTICR Mass Spectrometer: Instrument Design and Initial Results, Andrey N. Vilkov, Chaminda M. Gamage, Alexander S. Misharin, Vladimir M. Doroshenko, Dmitry A. Tolmachev, Irina A. Tarasova, Mikhail V. Gorshkov, 6th North American FTICR MS Conference, Apeil 1 - 5, 2007, Lake Tahoe, California.

Positive and negative analyte ion yield in matrix-assisted laser desorption/ionization, International Journal of Mass Spectrometry, Dashtiev M., Waefler E., Roehling U., M Gorshkov M., Hillenkamp F., Zenobi R., 268, 122-130 (2007).

Retention Time Conversion for Cross-Platform Tranfer of HPLC-MS/MS Proteomics Data, Irina A. Tarasova, Christophe D. Masselon, Marina L. Pridatchenko, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Vilem Gyryca, Jerom Garin, Alexander V. Gorshkov, Victor V. Evreinov, Michael V. Gorshkov, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3 - June 7 2007, Indianapolis, Indiana.

MassSpecter: A Modular Data Station for a Hybrid ESI-FTICR Mass Spectrometry, Dmitry A. Tolmachev, Konstantin P. Novoselov, Oleg N. Kharybin, Andrey N. Vilkov, Vladimir M. Doroshenko, Michael V. Gorshkov, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3 - June 7 2007, Indianapolis, Indiana.

ECD and CID of Peptid Ions in a Hybrid Permanent Magnet FT-ICR Mass-Spectrometer, Chaminda M. Gamage, Alexander S. Misharin, Andrey N. Vilkov, Michael V. Gorshkov, Vladimir M. Doroshenko, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3 - June 7 2007, Indianapolis, Indiana.

Characterization of Electrospray Ionization Hybrid Permanent Magnet FTICR Mass Spectrometer, Michael V. Gorshkov, Andrey N. Vilkov, Dmitry A. Tolmachev, Chaminda M. Gamage, Alexander S. Misharin, Irina A. Tarasova, Vladimir M. Doroshenko, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3 - June 7 2007, Indianapolis, Indiana.

Positive and Negative Ion Fields in Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry, Maxim Dashtiev, Esther Wafler, Michael Gorshkov, Franz Hillenkamp, Ulrich Roehling, Renato Zenobi, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, June 3 - June 7 2007, Indianapolis, Indiana.

Единый подход к созданию универсальных баз данных точных масс и времён удерживания пептидных маркеров белков на основе модели критической хроматографии биомолекул, Придатченко М.Л., Тарасова И.А., Масселон К.Д., Горшков А.В., Горшков М.В., Научная конференция МФТИ, Долгопрудный, Россия, 23 ноября 2007.

Гибридный масс-спектрометр ионного циклотронного резонанса на постоянном магните с линейной радиочастотной ловушкой и источником электрораспыления, Толмачев Д.А., Вилков А.Н., Дорошенко В.М., Дривен В.В., Тарасова И.А., Агапов А.Ю., Горшков М.В.,  3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Идентификация первичной структуры биомакромолекул с использованием концепции жидкостной хроматографии в критических условиях, Тарасова И.А., Горшков А.В., Евреинов В.В., Горшков М.В., 3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Особенности динамики движения ионов в ловушке масс-спектрометра ионного циклотронного резонанса на постоянном магните, Агапов А.Ю., Сагуленко П.Н., Толмачев Д.А., Горшков М.В., 3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Стандартизация хроматографических данных для макромолекул в условиях градиентной ВЭЖХ, Придатченко М.Л., Тарасова И.А., Масселон К.Д., Горшков А.В., Горшков М.В., 3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Теоретический хроматограф: практическая реализация концепции жидкостной хроматографии в критических условиях, Тарасова И.А., Горшков А.В., Евреинов В.В., Голобородько А.А., Шитов С.С., Придатченко М.Л., Горшков М.В., 3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Система сбора и обработки данных малогабаритного гибридного масс-спектрометра ионного циклотронного резонанса, Харыбин О.Н., Новоселов К.П., Толмачев Д.А., Агапов А.Ю., Спасский А.И., Горшков М.В., 3-я Международная Конференция - школа, Звенигород, Россия, Апрель 16-21, 2007.

Жидкостная хроматография в критических условиях в сочетании с масс-спектрометрией для изучения первичной структуры биомолекул, Тарасова И.А., диссертация на соискание степени кандидата физ. мат. наук, 2007

Applicability of the critical chromatography concept to proteomics problems: Dependence of retention time on the sequence of amino acids, Gorshkov, A. V., Evreinov, V. V., Tarasova, I. A., and Gorshkov, M. V., Polymer Science B,  49 (3-4): 93-107 (2007).

О возможности использования слабооднородных магнитных полей в масс-спектрометрии ИЦР, П.Н. Сагуленко, М.В. Горшков, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

Реализация Методов фрагментации биомолекул на малогабаритном  гибридном масс-спектрометре ионного циклотронного резонанса, Д.А. Толмачев, Ч. Гамаж, А.Н. Вилков, А.Ю. Агапов, В.М. Дорошенко, М.В. Горшков, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

Малогабаритный гибридный масс-спектрометр ионного циклотронного резонанса с атмосферным источником ионизации, М.В. Горшков, Д.А. Толмочев, А.Н. Вилков, И.А. Тарасова, К.П. Новоселов, В.В. Дривен, А.Ю. Агапов, В.М. Дорошенко, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

Идентификация белков и пептидов по хромато-масс-спектрометрическим данным с использованием расчета времен удерживания, И.А. Тарасова, Р.А. Зубарев, М.В. Горшков, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

Измерение масс белков с помощью малогабаритного гибридного масс-спектрометра ИЦР, А.Ю. Агапов, Д.А. Толмачев, И.А. Тарасова, М.В. Горшков, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

Универсальный подход к созданию баз данных времен удерживания и точных масс пептидов, М.Л. Придатченко, И.А. Тарасова, К.Д. Масселон, А.В. Горшков, М.В. Горшков, Третий съезд ВМСО, II Всероссийская конференция с международным участием, “Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы”, 3-7 сентября, 2007, г. Москва.

On the features of fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry at low magnetic fields, Mikhail V. Gorshkov, Dmitry A.Tomachev, Konstantin P. Novoselov, Irina A. Tarasova, Vladimir V. Driven, Alexander Yu. Agapov, Andrey N. Vilkov, Alexander S. Misharin, Chaminda M. Gamage, Vladimir M.  Doroshenko,  8th European FTMS conference Moscow, Russia August 27 – September 1, 2007.

Liquid Chromatography at Critical Conditions in Combination with Mass Spectrometry: a Comprehensive Approach to Read Sequences, Mikhail V. Gorshkov, 2nd Summer Course on Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine, Dubrovnik, Croatia, July 7-14, 2007.

Fourier transform mass spectrometry of biopolymers at low magnetic fields, Mikhail V. Gorshkov, 2nd Summer Course on Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine, Dubrovnik, Croatia, July 7-14, 2007.

Atmospheric Pressure Ionization Permanent Magnet Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry, Andrey N. Vilkov, Chaminda M. Gamage, Alexander S. Misharin, Vladimir M. Doroshenko, Dmitry A. Tolmachev, Irina A. Tarasova, Oleg N. Kharybin, Konstantin P. Novoselov and Michael V. Gorshkov, Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 18 (8), 2007, 1552-1558

2006

BioLCCC-MS/MS Tools: a Comprehensive Approach to Sequence Dependent Retention Time Prediction, Irina A. Tarasova; Alexander V. Gorshkov; Victor V. Evreinov; Roman A. Zubarev; Mikhail V. Gorshkov, 54th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, May 28 - June 1, Seattle, WA, 2006.

Atmospheric Pressure Ionization Permanent Magnet FTICR Mass Spectrometer: A Way to High Performance Mass Spectrometry in a Bench-Top Size, Andrey N. Vilkov; Vladimir M. Doroshenko; Irina A. Tarasova; Dmitry A. Tolmachev; Mikhail V. Gorshkov, 54th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, May 28 - June 1, Seattle, WA, 2006.

Conformation of (Bio)Molecules in the Gas Phase Studied by Fluorescence Resonance Energy Transfer, M. Dashtiev, R. Zenobi, 54th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, May 28 - June 1, Seattle, WA, 2006.

Towards High Throughput Proteomics: Liquid Chromatography at Critical Conditions/Mass Spectrometry, Irina A. Tarasova; Alexander V. Gorshkov; Victor V. Evreinov, Anton A. Goloborodko, Stanislav S. Chitov, Michael L. Nielsen,  Roman A. Zubarev ;  and Mikhail V. Gorshkov,  17th International Mass Spectrometry Conference, Prague, August 28th-September 1st, 2006

Comparison of Positive to Negative Ion Yields in MALDI, Maxim Dashtiev, Esther W?fler, Michael Gorshkov, Franz Hillenkamp, and Renato Zenobi, Desorption 2006, September 03-07, 2006, Athens, Greece.

Proteomic biomarkers discovery using the Accurate Mass and Time Tags approach, S. Kieffer-Jaquinod, A. V. Gorshkov, M. V. Gorshkov, M. Court, S. Brugi?re, C. Bruley, M. Ferro, J. Garin, and C. D. Masselon, 23rd LC/MS Montreux Symposium, Montreux, Switzerland, November 8–10, 2006

Жидкостная хроматография в критических условиях: новый метод идентификации аминокислотных последовательностей биомолекул, И.А. Тарасова, Д.А. Толмачем, С.С. Шитов, М.Л. Придатченко, А.Ю. Агапов, А.А. Голобородько, А.В. Горшков, Р.А.  Зубарев, В.В. Евреинов, М.В. Горшков, XLIX Научная конференция Московского физико-технического института, Москва, 24 – 25 ноября 2006.

Малогабаритный масс-спектрометр ионного циклотронного резонанса на постоянном магните, Д.А. Толмачев, А.Ю. Агапов, О.Н. Харыбин, К.Р. Новоселов, В.В. Дривен, И.А. Тарасова, М.Л. Придатченко, А.Н. Вилков, В.М. Дорошенко, М.В. Горшков, XLIX Научная конференция Московского физико-технического института, Москва, 24 – 25 ноября 2006.

Современное состояние масс-спектрометрии и перспективы ее развития, Горшков М. В., Школа-конференция «Успехи аналитической химии» (31 Годичная сессия НСАХ РАН), Звенигород, Россия, 12-17 ноября 2006.

Магнитная система для масс-спектрометра ионного циклотронного резонанса с атмосферными источниками ионизации, И.А. Тарасова, М.В. Горшков, А.Н. Вилков, В.М. Дорошенко, Толмачев Д.А., Масс-спектрометрия, 3, 1-12 (2006).

Liquid Chromatography at Critical Conditions: Comprehensive Approach to Sequence-Dependent Retention Time Prediction, A. V. Gorshkov, I. A. Tarasova, V. V. Evreinov, M. M. Savitski, M. L. Nielsen, R. A. Zubarev, and M. V .Gorshkov, Analytical Chemistry, 78, 7770-7777 (2006).

Towards High Throughput Proteomics: Liquid Chromatography at Critical Conditions/Mass Spectrometry, Irina A. Tarasova, Alexander V. Gorshkov, Victor V. Evreinov, Roman A. Zubarev, Michael V. Gorshkov, 17th International Mass Spectrometry Conference, August 27-September 1,  Prague, 2006, TuP-252

2005

A Concept of Liquid Chromatography at Critical Conditions in Combination With Mass Spectrometry: From Polymers to Biopolymers, I. A. Tarasova, A. V. Gorshkov, V. V. Evreinov, O. N. Kharybin, M. V. Gorshkov, 53rd Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, San Antonio, Texas, June 5 – 9, 2005, ThP263.

Linear Ion Trap Mass Spectrometer LTQ: Testing the Limits in Mass Accuracy and Resolution, M. V. Gorshkov, R. A. Zubarev, 53rd Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, San Antonio, Texas, June 5 – 9, 2005, ThP207.

Магнитная система для малогабаритного масс-спектрометра ИЦР с атмосферными источниками ионизации, И. А. Тарасова, М. В. Горшков, В. М. Дорошенко, И. А. Попов, О. Н. Харыбин, В. В. Дривен, 2-й Съезд Всероссийского Масс-спектрометрического Общества «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», Москва, Россия, 12-16 сентября, 2005, ПС-20.

Масс-спектрометрия и жидкостная хроматография в критической точке: Новый подход к изучению биомолекул, М.В. Горшков, А.В. Горшков, В.В. Евреинов, И.А.Тарасова, 2-й Съезд Всероссийского Масс-спектрометрического Общества «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», Москва, Россия, 12-16 сентября, 2005, МБС-15.

On the Accuracy of Polypeptide Masses Measured in a Linear Ion Trap,  M. V. Gorshkov, R. A. Zubarev, Rapid Communications in Mass Spectrometry, 19, 3755-3758 (2005).

C?-C Backbone Fragmentation Dominates in Electron Detachment Dissociation of Gas-Phase Polypeptide Polyanions, Kjeldsen F., Silivra O.A., Ivonin I.A., Haselmann K.F., Gorshkov M., Zubarev R.A., Chemistry European Journal, 11, 1803-1812 (2005).

2004

FTICR mass spectrometry at low magnetic field,  I. A. Tarasova, M. V. Gorshkov, Proceedings of the 2nd International Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, October 4-7, 2004

Broadband detection of ions at resonant frequencies for radio-frequency quadrupole ion trap mass-spectrometers (QIT-MS), M. V. Gorshkov, I. A. Tarasova, J. M. Price, Proceedings of the 2nd International Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, October 4-7, 2004

М.В. Горшков, О.Н. Харыбин, И.А. Тарасова, Д.Н. Брумирский, И.А. Попов, А.С. Кононихин, А.И. Спасский, Е.Н. Николаев; Proceedings of the 2nd International Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, October 4-7, 2004

О.Н. Харыбин, М.В. Горшков, И.А. Попов, А.С. Кононихин, А.И. Спасский, Д.Н. Брумирский, И.А. Тарасова, В.В. Дривен, Е.Н. Николаев, Proceedings of the 2nd International Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, October 4-7, 2004, p.

Characterization of FTICR mass spectrometry at low magnetic field, I. A. Tarasova, M. V. Gorshkov; 7th European Workshop on Fourier Transform Mass Spectrometry, Konstanz, Germany, March 28-31, 2004, p.15.

Intermediate pressure MALDI inside ion funnel for FT ICR , A. I. Spasskij; O. N. Harybin; I.  A. Popov; A. S. Kononikhin; D. N. Brumirsky; K. S. Chingin; V. V. Driven; M.V. Gorshkov; E. N. Nikolaev, 52nd Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Nashville, Tennessee, May 23 – 27,  2004,  WPG120.

Towards implementation of electron capture dissociation technique for mass spectrometers with radio-frequency multipole transmission ion guides, Gorshkov M. V., Popov I. A., Kharybin O. N., Brumirsky D. N., Tarasova I. A., Driven V. V., Kononikhin A. N., Spassky A. I., Nikolaev E. N., 52nd Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Nashville, Tennessee, May 23 – 27,  2004,  TPG128.

On the Feasibility of liquid chromatography at critical conditions in combination with mass spectrometry for structural characterization of biopolymers, Gorshkov A.V., Evreinov V. V., Gorshkov M. V.,  52nd Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Nashville, Tennessee, May 23 – 27,  2004,  MPX447.

Combination of a high pressure MALDI ion source and radiofrequency ion Funnel, A.I. Spassky, O.I. Kharibin, I.A. Popov, M.V. Gorshkov, A.S. Kononikhin, D.N. Brumirskiy, E.N. Nikolaev, Proceedings of 10th International Conference Desorption 2004, Saint-Petersburg, August 29 – September 2, 2004, p.43.

Influence of spectral line shape on mass accuracy in FTICR: optimization of the calibration law, I.A. Tarasova, M.V. Gorshkov, Russian Chemical Physics, 23, No.7, 62-67 (2004).

Considerations on Electron Capture Dissociation Efficiency in FTICR Mass Spectrometry, Michael V. Gorshkov, Christophe D. Masselon, Eugene N. Nikolaev, Harold R. Udseth, Ljiljana Pasa-Tolic, and Richard D. Smith, International Journal of Mass Spectrometry, 234 (1-3), 131-136 (2004).

2003

Ion-electron Reactions in a Quadrupole Ion Trap, Frank Kjeldsen, Igor Ivonin, Oleg Silivra, Mikhail Gorshkov, Roman Zubarev, 1st International Uppsala Symposium on Electron Capture Dissociation of Biomolecules and Related Phenomena, Stockholm, Sweden, October 19-22, 2003.

Methods to increase sensitivity in ESI FTICR mass spectrometry, I.A. Popov, O.N. Kharybin, A.C. Kononikhin, D.N. Brumirski, A.I. Spasski, M.V. Gorshkov, E.N. Nikolaev, Proceedings of XLVI MIPT Conference on Modern Problems in Basic and Applied Sciences, Moscow, November 28-29, 2003, p.61.

Effect of ion trap parameters on sensitivity in FTICR mass spectrometry, I.A.Tarasova, M.V.Gorshkov, Proceedings of XLVI MIPT Conference on Modern Problems in Basic and Applied Sciences, Moscow, November 28-29, 2003, p.59-60.

On efficiency of Electron Capture Dissociation method, D.N. Brumirski, M.V. Gorshkov, O.N. Kharybin, I.A. Popov, I.A. Tarasova, E.N. Nikolaev, Proceedings of XLVI MIPT Conference on Modern Problems in Basic and Applied Sciences, Moscow, November 28-29, 2003, p.58.

Considerations on Efficiency of Electron Capture Dissociation in FTICR Mass Spectrometry, Gorshkov M.V., Masselon C.D., Nikolaev E.N., Smith R.D., 1st International Uppsala Symposium on Electron Capture Dissociation of Biomolecules and Related Phenomena, Stockholm, Sweden, October 19-22, 2003.

On-line ESI radiofrequency ion trap mass spectrometer for collaborative research and education activities via Internet, Tarasova I.A., Driven V.V., Dashtiev M.I., Brumirsky D.N., Pronchev G.B., Gorshkov M.V., 16th International Mass Spectrometry Conference, Edinburg, UK, August 31st-September 5th, 2003, ThC-159.

SORI-ECD: Looking at the Ways to Improve Electron Capture Dissociation Efficiency, Gorshkov M.V., Masselon C.D., Nikolaev E.N., Udseth H.R., Pasa-Tolic L., Smith R.D., 51st Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Montreal, Canada, June 8-12, 2003, TPH156.

2002

Characteristics of photoelectrons emitted in MALDI-FTICR experiments, Gorshkov M.V., Frankevich V.E., Zenobi R., European Journal of Mass Spectrometry, 8, 67-69 (2002).

High performance ESI FTICR mass spectrometry at low magnetic field, Gorshkov M.V., Udseth H.R., Anderson G.A., Smith R.D., European Journal of Mass Spectrometry, 8, 169-176 (2002).

Electrospray FTICR mass spectrometer for biochemical research, Gorshkov M.V., Kharybin O.N., Vilkov A.N., Driven V.V., Popov I.N., Dashtiev M.I., Nikolaev E.N., Khimicheskaya Phyzika (Russian Chemical Physics), 21 (4), 32-38 (2002).

Interference of peaks in Fourier transform ICR spectra: optimization of calibration law, I.A. Tarasova, M. V. Gorshkov, XLV Scientific Conference of Moscow Institute of Physics and Technology, Dolgoprudny, November 29-30, 2002.

Fluorescent detection and spectroscopy of mass-selected trapped biomolecular ions, V. E. Frankevich, M. V. Gorshkov, J. Zhang, and R. Zenobi, 50th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Orlando, Florida, June 2-6, 2002, MPJ282.

The role of electrons in MALDI FTICR experiments, V. E. Frankevich, M. V. Gorshkov, R. Knochemuss, J. Zhang, and R. Zenobi, 50th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Orlando, Florida, June 2-6, 2002, MPJ284.

Reduction of Divalent Metal Ions Used for Cationization in MALDI MS, J. Zhang, V. E. Frankevich, R. Knochemuss, M. V. Gorshkov, and R. Zenobi, , 50th Conference of American Society for Mass Spectrometry and Allied Topics, Orlando, Florida, June 2-6, 2002, MPJ285.

Ion cyclotron resonance mass spectrometer for biological applications, M. V. Gorshkov, O. N. Kharybin, A. N. Vilkov, V. V. Driven, M. I. Dashtiev, I. A. Popov, E. N. Nikolaev, Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, April 25-26, 2002, p.73.

An Internet-Accesible Mass Spectrometer, A. N. Vilkov, I. A. Tarasova, O. N. Kharybin, V. V. Driven, M. I. Dashtiev, I. A. Popov, and M. V. Gorshkov, Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, April 25-26, 2002, p.207.

Innovations in MALDI FTICR mass spectrometry, V. E. Frankevich, M. V. Gorshkov, J. Zhang, and R. Zenobi, Workshop on Mass Spectrometry in Chemical Physics, Bio-Physics, and Environmental Sciences, Zvenigorod, Russia, April 25-26, 2002, p.40.

Signal Enhancement for Negative Ions in MALDI-FTICR Experiments Due to Sympathetic Cooling, V. Frankevich, M. Gorshkov, and R. Zenobi,  ICR/IonTrap Newsletter, 2002, No.65, p.9.